Ізмаїльський інститут водного транспорту розпочав освітню діяльність у 1997 році відповідно до наказу Міністерства освіти і науки України. Вибір Ізмаїла - порівняно невеликого в масштабах України міста - для відкриття в ньому вищого навчального закладу був не випадковим, а цілком закономірним. Адже на півдні України розташовані Українське Дунайське і Чорноморське пароплавства, Ізмаїльський. Одеський, Іллічівський морські порти, судноремонтні заводи, які вкрай потребують фахівців, що володіли би сучасними передовими технологіями виробництва. Враховувалося й те, що географічне розташування міста на березі Дунаю - великої річки європейського значення, яка має вихід на морські простори і в центр Європи - відіграє велику роль у розвитку економіки нашої держави. Все це і зумовило створення в Ізмаїлі інституту водного транспорту. Засновниками інституту були Українська академія наук національного прогресу, яку очолював академік Оніпко О.Ф., Ідіятулліна Н.О., Багрій-Шахматов Л.В. - доктор юридичних наук, професор. Інститут як вищий навчальний заклад відбувся, зайнявши свою нішу в освітньому просторі півдня Одеської області. Метою створення нового вищого навчального закладу в Ізмаїлі було збереження і розвиток інтелектуального потенціалу талановитої та обдарованої молоді Придунайського регіону.

Першими студентами інституту у 1997 році стали 80 випускників міських та районних шкіл, першим ректором ІІВТ був Морій Г.П. - доктор історичних наук, професор. Зараз вищим навчальним закладом керує кандидат філологічних наук, доцент, член-кореспондент Міжнародної кадрової академії Василь Васильович Левченко. За роки існування адміністрацією та засновниками інституту зроблено чимало: єдиний у 1997 році економіко-правовий факультет, який об'єднував різні напрями підготовки і спеціальності, розділився на два факультети, кожен з яких сьогодні точно відображає специфіку підготовки фахівців. В інституті на денному і заочному відділеннях навчаються близько 1500 студентів. Діяльність факультетів забезпечують 4 кафедри. Щорічно більше 350 молодих людей з усіх районів області зупиняють свій вибір на інституті водного транспорту, в якому, не виїжджаючи далеко від своїх рідних осель, вони можуть отримати якісну вищу освіту

Ізмаїльський інститут водного транспорту є членом Асоціації навчальних закладів України приватної форми власності і колективним членом Міжнародної кадрової академії. Інститут активно співпрацює з Одеським національним морським університетом у рамках навчально-науково-виробничого комплексу «МОРТРАНС», що об'єднує ряд науково-дослідних інститутів та навчальних закладів І - ІV рівнів акредитації, Київським національним економічним університетом, Київським національним торговельно-економічним університетом, Львівським державним інститутом новітніх технологій, Сумським державним університетом. Договори про співробітництво укладені з вищими навчальними закладами ближнього і далекого зарубіжжя: Дністровським інститутом економіки і права, Інститутом історії, держави і права академії наук Республіки Молдова, Бельцьким, Комратським державними університетами, Кримінологічним інститутом (Республіка Молдова), Читинським інститутом Байкальського університету економіки і права (Російська Федерація), Вищою школою Гендльови в Кельцях, Краківським економічним університетом (Польща).